L'Unifed a été créée le 15 juin 1993, dans le but d'instaurer une logique de branche professionnelle, par cinq organisations d'employeurs : la Fédération des établissements hospitaliers d'assistance privée à but non lucratif (FEHAP), la Fédération nationale des centres de lutte contre le cancer (FNCLCC), le Syndicat général des organismes privés sanitaires et sociaux à but non lucratif (SOP), le Syndicat national des associations de parents et amis de personnes handicapées mentales gestionnaires d'établissements et de services spécialisés (Snapei) et le Syndicat national au service des associations du secteur social et médico-social (Snasea). La Croix-Rouge française (CRF) les a rejoints en 1997.
L'Unifed fédère, ainsi, environ 6 300 établissements sanitaires, sociaux et médico-sociaux, gérés par des associations à but non lucratif, ce qui représente quelque 500 000 salariés.
Elle s'est fixée pour mission de "coordonner l'action des fédérations et syndicats adhérents pour une meilleure représentation de leurs intérêts professionnels communs, auprès de toutes les instances paritaires, administratives et politiques tant au plan national, qu'européen et international". Dans ce cadre, elle négocie et signe des accords collectifs avec les partenaires sociaux, et gère la commission paritaire nationale de l'emploi (CNPE) de la branche, créée par un protocole d'accord du 11 octobre 1993, avec l'ensemble des organisations syndicales représentatives du secteur, ainsi que la commission paritaire de branche (CPC), créée en mars 1996.
C'est toujours dans l'objectif de renforcer l'identité du secteur sanitaire, social et médico-social à but non lucratif que l'Unifed a créé le fonds d'assurance formation UNIFAF (voir fiche à ce nom), agréé en décembre 2004 comme nouvel organisme paritaire collecteur agréé (OPCA) de la branche. Depuis le 1er janvier 2005, toutes les associations et fondations relevant d'une des organisations constitutives de l'Unifed (FEHAP, Fegapei, Snasea, FNCLCC, SOP et Croix-Rouge française) doivent adhérer à Unifaf.
Quant aux conventions et accords collectifs de travail applicables au secteur représenté par l'Unifed, il s'agit de :
- la convention collective nationale du 31 octobre 1951 portant sur les établissements privés d'hospitalisation, de soins, de cure et de garde à but non lucratif (CC 51) ;
- la convention collective nationale du 15 mars 1966 relative aux établissements et services pour personnes inadaptées et handicapées privés à caractère non lucratif (CC 66) ;
- la convention collective nationale des centres de lutte contre le cancer (FNCLCC) du 1er janvier 1999 ;
- les accords spécifiques aux centres d'hébergement et de réadaptation sociale (CHRS) ;
- et enfin la convention collective nationale de la Croix-Rouge française.