Avatar du Snapei, la Fegapei a été créée en juin 2005, à la suite de l'ancien syndicat d'associations de parents et amis de personnes handicapées mentales, fondé en 1964, et qui souhaitait faire évoluer ses statuts pour les mettre en conformité avec les nouvelles missions de ses adhérents, associations d'employeurs et gestionnaires d'établissements et services.
La mission de la Fegapei est de défendre et de représenter ses membres auprès des pouvoirs publics, de les soutenir dans leurs stratégies de développement, de gestion, d'organisation et de financement, et enfin de les accompagner dans leurs prises de décision sur l'ensemble des questions relatives au droit du travail, au champ conventionnel, aux ressources humaines, aux relations sociales, à la formation et à la communication.
Organisée en délégations régionales, elle met à leur disposition des équipes de juristes spécialisés en droit social, des outils techniques de gestion ou encore des guides pratiques. Elle propose enfin un catalogue de formations ouvertes aux cadres dirigeants, élus ou professionnels, de ses associations et établissements.
La Fegapei revendique quelque 500 associations adhérentes, soit 4 000 établissements qui emploient environ 120 000 professionnels pour plus de 240 000 personnes accompagnées.